Відділ книгосховища та міжбібліотечного абонементу забезпечує організацію та зберігання основного фонду бібліотеки, універсального за змістом і що має велику наукову цінність: це дореволюційні видання, довідники, монографії і збірники праць, автореферати дисертацій, підручники, художня література, періодичні видання. У фондах відділу зберігається обов’язковий примірник усіх видань.
Відділ надає видання з фонду для використання в усі відділи обслуговування бібліотеки та обслуговує літературою по міжбібліотечному абонементу бібліотеки всіх систем і відомств м. Харкова, області та за її межами.